GroMacs 跑起来！
开始之前感谢一下Justin A. Lemkul, Ph.D.教授的GROMACS Tutorials。现在已经几乎成为新手必学行业标准了。强烈推荐可以去上他的课。这篇blog是我根据他的教程总结出来，并加上了自动化的部分，让一切更加方便！ 我们会采用3NPO pdb file 和一个autodock vina对接后的pdbqt文件开始。你可以从下面下载他们，但也可以参考我之前的教程一步一步拿到自己的pdbqt flie： 3NPO3NPO.pdb143 KBdownload-circleKaempferol_dockingKaempferol_docking.pdbqt53 KBdownload-circle 一、准备pdb file 你会发现autodock vina dock之后的pdbqt里面有多个构象，他们都被MODEL分割。如下图： 所以我们处理的第一步就是分割，把这个含有多个model的变成单独的一个model。利用下面几行sh就可以轻松拿到第一个构象。当然，也可以直接用手复制粘贴出来。不过可能使用vina的vina_split会更可靠一些 vina_spl
